I primi dati relativi alla presenza umana in Ortigia sono già del periodo neolitico, i primi segni di un insediamento abitativo datano all'età del bronzo antico e quelli più cospicui, della media e tarda età del bronzo che persistono fino al momento della colonizzazione greca.
Nell'VIII secolo a.C., nel quadro dell'espansione coloniale dei Greci nell'Occidente del Mediterraneo, un gruppo di coloni, capitanati da Archia da Corinto, espulsi i Siculi che abitavano in Ortigia, fondarono la nuova città.
Secondo la tradizione il nome di Siracusa trae origine dalla vicina palude Syraka.
È sorprendente assistere al disegno espansionistico di ampio respiro che la nuova città attuò già nei primissimi anni della propria esistenza. Alla fine dello stesso VIII secolo si deve la fondazione della prima sub colonia, Eloro, - sulla foce del fiume Tellaro - per garantirsi il controllo, militare ed economico, di quella fascia della costa, mentre è nel vivacissimo secolo successivo che furono fondate Akrai - nella valle dell’Anapo (663 circa) -, Casmene - nella parte più interna del territorio montano nei pressi del monte Lauro (643 circa) - e Camarina (599 a.C.) - nella fascia costiera meridionale fino al limitare della presenza punica.
Siracusa era retta da un regime oligarchico: governavano i discendenti dei primi coloni, chiamati Geomori; subordinati ad essi erano i Killirioi ossia un gruppo formato dai coloni immigrati in un secondo momento e dai siculi asserviti.
La città, ed è questo un importantissimo segno tangibile di lungimiranza ebbe, con tutta probabilità, dal primo momento un impianto urbanistico regolare, per strigas, ossia a maglie ortogonali regolari. Le strade dei quartieri dei Bottari e della Giudecca, gli assi viarii Roma - Dione e Maestranza - Amalfitania, ricalcano in buona parte gli antichi tracciati greci.
Dopo l'originario nucleo, identificabile con l'isola di Ortigia, Siracusa si espanse, già nell'VIII a.C. sulla terraferma nel nuovo quartiere che sarà chiamata Acradina.
I limiti di questa prima espansione urbanistica sono dati approssimativamente dalle necropoli e dalle latomie che cingevano la parte alta della città le une da Ovest a Est, le altre da Est a Ovest.

Le maggiori aree sepolcrali che circondavano Siracusa, dal cui studio sistematico si possono desumere informazioni sui rapporti commerciali intrattenuti dalla città e sull'evoluzione del materiale di produzione locale, erano tre.
La prima, quella del Fusco, con presenze riferibili all’età del Bronzo, fu occupata dai coloni già dall’VIII secolo. a. C. e rimase in uso fino al III secolo a.C.
L’insediamento della seconda, del Giardino Spagna (sotto l’area dell’Ospedale Civile), è riferibile intorno al 640 a.C. e usata fino al III secolo a.C., mentre la terza, di S. Lucia si colloca a cavallo tra i secoli VII e il VI a.C.. Le tombe che si estendono da ovest a est, da corso Gelone, al giardino Spagna, a piazza della Vittoria, a S. Lucia, costituivano un’autentica cinta che occupava il piano roccioso esterno alla città reso di difficile urbanizzazione per i notevoli dislivelli (verranno pianificati solo nei decenni centrali del IV secolo, in quella che si suole definire “età timoleontea”).
L’indagine archeologica ha dimostrato che le necropoli primitive furono programmaticamente lasciate fuori o, meglio, ai margini dell’insediamento abitativo; esse furono pianificate alla stessa stregua dello spazio dedicato al culto e a quello per la vita quotidiana.
La pietra da costruzione per tutti gli edifici di Siracusa, sia per i grandi monumenti che l’antichità ci ha tramandato, che per le modeste abitazioni sepolte dagli strati di asfalto, proveniva tutta dalle latomie. Queste erano, con voce greca le immense cave di pietra – sia superficiali sia, soprattutto, sotterranee – che, da est a ovest hanno cinto la città. È difficile stabilire una esatta datazione delle pietraje (per adoperare un vocabolo in uso nel ‘700) a causa della continuità del loro utilizzo ma è probabile che ciascuna di esse sia nata in funzione dell’erigendo quartiere; da questa riflessione si potrebbe concludere che quella di Acradina – le latomie dei Cappuccini – siano le più antiche. In ogni caso è certo che già nel VII secolo esse erano in uso; Pausania (V, 8,8) ricorda, infatti, che nelle latomie fu posta la statua di Ligdamide, vincitore ad Olimpia (Ol. 33 – tra il 648/7 e il 645/4) nel pancrazio (un misto tra corsa, lotta e pugilato).
L’agiatezza economica in breve tempo raggiunta dalla città non poteva non dare luogo a delle lotte intestine tra le due fazioni che si risolsero, tra la fine del VI e i primissimi anni del secolo successivo con la cacciata dei Geomori e la presa del potere da parte dei Killirioi.
Intanto nel corso del VI secolo erano nati altri due quartieri, Tyche (così chiamato per la presenza di un tempio dedicato alla dea Fortuna e ricadente nell'area dell'attuale borgata S. Lucia) e Neapoli (nella quale ricadeva la più ampia area monumentalizzata della città).
I Geomori, che avevano trovato rifugio a Gela, diedero l'occasione a Gelone, comandante della cavalleria di Ippocrate, di entrare in città (485 a.C.); questi ripristinò il vecchio regime oligarchico ma assunse i poteri di tiranno (ossia di re non per origine dinastica).
Nel 480 le truppe della lega siciliana capitanate da Gelone sconfissero i Cartaginesi in una epica battaglia presso il fiume Imera. Dai contemporanei l'evento fu celebrato al punto da tramandare la notizia, tutta da dimostrare, che lo scontro sia avvenuto lo stesso giorno di Salamina: la civiltà greca aveva in Siracusa e in Atene due campioni contro il barbaro nemico.
Siracusa con Gelone iniziò una fase di grande splendore artistico e divenne meta dei più grandi drammaturghi e commediografi; questi costruì il teatro e innalzò, per celebrare la vittoria, un maestoso tempio dedicato a Minerva.
Alla morte di Gelone salì al potere il fratello Ierone il quale, sebbene venga ricordato come violento, si mostrò grande mecenate, oltre che valido condottiero; a lui si deve la vittoria navale a Cuma contro gli Etruschi del 474 a.C.
Successe a Ierone Transibulo che, a causa delle sue atrocità venne esiliato (466 ca. a. C.).
Siracusa conobbe per la prima volta un regime democratico. Continuò l'espansione della città che divene sempre più punto di riferimento per gli artisti ed i scrittori; vennero sedate le rivolte dei Siculi guidati da Ducezio (459 - 451a.C.), fu sconfitta Agrigento nel 446.
Atene non poteva non preoccuparsi per l'espansione rapida di Siracusa e, dopo due tentativi militari senza esito 433 e 427 a.C.), intervenne su richiesta di Leontinoi muovendo contro Siracusa (415 a.C.).
Fu lo scontro tra le due maggiori potenze della grecità che si risolse, nel 413 a.C. con una clamorosa sconfitta degli assedianti, sia presso il fiume Assinaro che per mare nel porto grande di Siracusa.
I prigionieri furono chiusi nelle latomie, ai quali, tramandano gli storici, fu riservato un tremendo trattamento.
I Cartaginesi nuovamente minacciarono le città greche della Sicilia muovendo contro Agrigento, che viene rasa al suolo, e Gela. Dionigi, intanto venuto al potere, fortifica la città, la cinge di poderose mura e costruisce il castello Eurialo, come primo e più potente baluardo in difesa dell'abitato. Questa poderosa struttura bellica impedì che la Siracusa capitolasse durante l'assedio del 396 a. C.; anzi Dionigi riuscì a sconfiggere gli assedianti.
Dionigi amava circondarsi nella propria corte dei più grandi artisti dell'epoca, ma non esitò a vendere come schiavo Platone. A Dionigi, succedette il figlio, Dionigi II che concluse la pace con Cartagine.
Gli sconvolgimenti interni alla città e i malumori provocati da Dionigi II, indussero una fazione a richiedere l'intervento della madrepatria Corinto. Questa inviò il proprio generale Timolonte. Dopo una serie di scontri il generale riuscì ad entrare in città (343 a. C.) accolto come un liberatore. Durante anni del suo governo Siracusa godette di pace e di democrazia.
Alla morte di Timoleonte (336 a. C.) si scatenarono nuovamente le fazioni oligarchiche che portarono al potere un nuovo tiranno, Agatocle (316 a. C.). La sconfitta che questi subì da parte di Cartagine nei pressi del fiume Imera ( 310 a. C.) lo indussero ad un'impresa di grandissima strategia militare, poi ripetuta da Scipione l'Africano: raccolte le truppe portò la guerra in Africa. Purtroppo, dopo alterne vicende, Agatocle fu però duramente sconfitto e dovette subire una dura pace.
Le vicende interne alla propria famiglia misero il tiranno nell'impossibilità di individuare in essa un successore, così Agatocle nominò proprio successore il popolo siracusano. Alla sua morte si scatenarono nuovamente le fazioni interne alla città che scatenarono una lunga serie di guerre civili.
I Cartaginei, sempre in agguato, riuscirono a conquistare la città (278 a. C.) che fu liberata da Pirro. Lasciata la città alla volta di Roma, il potere fu assunto da Ierone (o Gerone) II. La sapiente politica di equidistanza da Roma assicurò alla città un lungo periodo di pace e di prosperità. Avviò delle importantissime riforme tributarie (lex hieronica), abbellì la città con nuovi grandi monumenti, intrattenne scambi culturali con i grandi centri del mondo ellenistico. Fu grande mecenate, ed il grande Archimede godette del suo favore.
Il suo successore Geronimo sconvolse gli accordi ed entrò in urto con Roma. Siracusa, cinta d'assedio da Marcello, capitolò nel 212.
Iniziò così un lungo, quasi inarrestabile periodo di decadenza che, però, non scalfì la bellezza della città; è Cicerone che nelle memorabili pagine delle Verrine ce ne ha tramandato un'ammirata descrizione.
Ancora al V secolo d.C. la Sicilia fu terra di conquista dei Vandali e degli Ostrogoti, fino a quando nel VI secolo l'isola l'imperatore d'Oriente Giustiniano non la conquistò.
Siracusa doveva godere di un grande prestigio se l'imperatore Costante II, nel 663, in fuga da Bisanzio, la scelse come sede imperiale.
Intanto il pericolo musulmano, che già minacciava le rotte del Mediterraneo, si faceva reale e concreto: nell'827 gli Arabi sbarcarono a Mazara e subito fecero marcia verso Siracusa.
La città resistette ai ripetuti attacchi e al lungo assedio,  fino a quando il 21 maggio 878 capitolò mettendo una concreta ipoteca al processo di conquista musulmana in tutta l'isola.
Le lotte intestine tra califfati indussero a chiedere l'intervento del generale bizantino Giorgio Maniace che riconquista la città, ma non riesce a mantenerla in potere che solo per due anni, Il nome di Giorgio Maniace è passato alla storia della città sia per la probabile erezione sulla punta di Ortigia di un fortilizio e per avere trafugato e portato a Bisanzio le spoglie mortali di Santa Lucia.
Siracusa venne nuovamente conquistata dagli arabi che la tennero fino al 1086 quando capitolarono di fronte al nuovo conquistatore normanno.
Gli Altavilla restaurarono la fede cristiana nel Regno, nel 1093 venne rifondata la diocesi di Siracusa ma è nella cattedrale di Palermo che la notte di natale del 1139, Ruggero II venne incoronato primo Re di Sicilia, confermando così il primato di quella città sulle altre dell'isola.
Nel 1169 la città fu sconvolta da un terribile terremoto e, a causa del periodo di anarchia susseguente alla morte di Enrico VI (che aveva sposato Costanza d'Altavilla), nel 1204 fu conquistata dai Pisani e l'anno seguente dai Genovesi.
Federico II di Svevia, dapprima confermò i privilegi ai Genovesi, per poi, consolidato il proprio potere, cacciarli e riannettere Siracusa al demanio.
Alla morte di Federico seguì un torbido periodo ed il tentativo di restaurazione di Manfredi; a questi il Papa oppose Carlo d'Angiò che fu incoronato a Roma nel 1266.
Il regno francese, a causa dei soprusi della classe dirigente e delle soldataglie, fu cacciato dalla grande sommossa popolare passata alla storia sotto il nome di Guerra del Vespro.
I Siciliani si rivolsero allora a Pietro d'Aragona, e, dopo un periodo di incertezze, Federico III d'Aragona fu proclamato nel 1295 Re dei Siciliani.
Federico nel 1305 (di fatto) assegnò Siracusa ed altri nove comuni in dote alla consorte. La città era amministrata direttamente dalla regina, quasi come uno Stato dentro  lo Stato, per il tramite di funzionari che ella stessa provvedeva a nominare. Era la Camera della Regina. A questo periodo dobbiamo il fiorire di una architettura aragonese e catalana che tramutò Ortigia in un lembo di Spagna. Per la prima volta nel 1437 venne emanata una  prammatica che sanciva il concetto di esproprio per pubblica utilità per chi intendeva migliorare la propria abitazione.
I Siracusani per la endemica miopia e anche a causa delle vessazioni che erano costretti a subire chiesero più volte all'Imperatore Carlo V l'abolizione dell'istituzione. Nel 1536, alla morte della nonna, Germana de Foix, seconda moglie, ora vedova, di Ferdinando il Cattolico l'imperatore sciolse la Camera della Regina.
Iniziò così un programma di fortificazione della città che comprese la edificazione di nuovi bastioni. Siracusa fu cinta da alte mura che furono subite per secoli come segno di oppressione. L'economia della città fu costretta ad un inesorabile processo involutivo, tagliata fuori dalle rotte commerciali e dai processi di sviluppo che intanto venivano formandosi.
Siracusa era entrata a pieno titolo a far parte dell'ampio programma strategico della Corona mirato garantire la sicurezza del basso Mediterraneo contro l'incombente pericolo ottomano.
Se, per assurdo, non vi fossero stati i terremoti, quello del 1542 che fece crollare la facciata normanna della cattedrale e quello del 1693 che impresse la forte accelerazione al rinnovamento del gusto artistico nell'architettura cittadina, si potrebbe dire che Siracusa non ha avuto più una storia per tre secoli.
La città ha visto passare sul suo capo i regnanti, i vicerè, i Savoia (che, nel 1713, ascesero alla dignità regale con il regno di Sicilia a seguito della Pace di Utrecht), tutti accomunati dalle esose richieste di esborsi (che eufemisticamente venivano chiamati donativi) per la Corona e per le fortificazioni. Nulla cambiava per la città: in fin dei conti, per Siracusa chiunque comandava adottava gli stessi metodi.
Così, in maniera oscura e priva di una vera storia, Siracusa giunse al 1837 quando vi furono delle gravi agitazioni, scoppiate per una pestilenza,contro il governo borbonico. Ferdinando II punì duramente la depressa città trasferendo il capoluogo da Siracusa a Noto. Questo ulteriore sopruso indusse ancor di più i Siracusani ad aderire ai moti rivoluzionari del 1848.
Unificata l'Italia la città tornò ad essere capoluogo nel 1865. La cinta di mura e fortificazioni che tanto erano costate furono del tutto rase al suolo e finalmente Siracusa poté guardare al suo porto e al suo territorio come elementi importantissimi per la ripresa economica. Questa non avvenne che in maniera appena accennata.
Con l’unità d’Italia e l’avvento al potere della nuova classe politica liberal borghese si iniziò un ampio programma di opere pubbliche favorito dalla soppressione degli ordini monastici e dall’acquisizione dei loro beni al demanio. Era forte desiderio della borghesia dell’epoca uscire dal regresso economico e dalla posizione periferica accreditando la città per le referenze del suo glorioso passato.
Una furia iconoclasta si abbatté sulla città; con il pretesto di creare scuole ed uffici pubblici è stato orrendamente mutilato l’immenso patrimonio artistico che era giunto praticamente intatto
Segno della crescita demografica fu l'urbanizzazione, nel 1895, di un nuovo quartiere nella terraferma, la Borgata.
Il tessuto viario di Ortigia, in buona parte ancora greco, nel quale è possibile leggere le differenziazioni delle tipologie sociali e abitative, subì ulteriori squarci; Piazza Archimede nacque tra gli anni 1872 e 1878 abbattendo la monumentale chiesa dei Padri Teatini e la parrocchiale di S. Giacomo che lì avevano sede; il quartiere della Sperduta, che mostrava intatti i paradigmi dell’organizzazione araba fu rasa al suolo e nell’area ormai libera nel 1928 sorse l’attuale complesso delle scuole elementari.
Ancora in periodo fascista, per dare maggiore aria al settore interno dell’isola e per renderne più decoroso l’ingresso, furono rasi al suolo quattro isolati medievali per far luogo alla via del Littorio (oggi corso Matteotti).
Un altro momento di grande espansione fu conosciuto dalla città nel secondo dopoguerra; purtroppo questo fu caotico e convulso, quando non becero ed arrogante. Ortigia è stata costellata di orrendi scatoloni in ferro-cemento che il più delle volte, con la forza di chi opera un sopruso, si impongono per la loro altezza come punto di riferimento visivo; la città sulla terraferma fu privata di importanti strumenti urbanistici che avrebbero potuto conciliare il territorio, i tesori artistici ed archeologici con le necessità di urbanizzazione e di crescita futura. Né è stato rispettato il territorio circostante alla città: con il miraggio dello sviluppo economico fu avviato un ampio programma di industrializzazione che ha irrimediabilmente deturpato il litorale nord della città.
Poche e deboli, benché illuminate, furono le voci che si levarono contro questo saccheggio della città perpetrato ed attuato dai novelli barbari ma, si sa, Cassandra non veniva mai ascoltata e creduta.
L'indolenza, la miopia e l’arroganza di quegli anni fanno sì che, oggi, parlare di sviluppo e di turismo sia del tutto simile ad un'amena chiacchierata fatta al Caffè dello Sport.